Система вищої освіти спрямована на задоволення потреб особистості, ринку праці регіону та держави в цілому. Включає підготовку кадрів з вищою освітою за спектром напрямків, спеціальностей та освітньо-кваліфікаційними рівнями «молодший спеціаліст», «бакалавр», «спеціаліст», «магістр».
Мережа вищої освіти в Миколаївській області представлена 39 вищими навчальними закладами: 15 ВНЗ ІІІ-ІV рівнів акредитації, з них: 4 державних, 2 приватних, 8 відокремлених структурних підрозділів (інститути, філії, центри, пункти, факультети тощо, з яких 5 державних, 3 приватних) та 1 інститут післядипломної педагогічної освіти, 4 вищих навчальних заклади, яким надано статус національного; 24 вищих навчальних заклади І-ІІ рівнів акредитації, з них: 11 - державних, 6 - приватних, 7 - комунальних.
За станом на 01.07.2016 у вищих навчальних закладах області І-ІV рівнів акредитації навчається 38 746 студентів. Навчальний процес у вищих навчальних закладах І-ІV рівнів акредитації забезпечують 3 750 педагогічних та науково-педагогічних працівників.
У 2016 році у вищих навчальних закладах I-IV р.а. кількість випускників становить 14 265, з них: ІІІ-ІV р.а. – 10 354, І-ІІ р.а. – 3 911.
З метою заохочення та матеріальної підтримки перспективної молоді області, реалізації їх професійних, творчих, соціальних інтересів в області щороку 6 студентам вищих навчальних закладів І-IV рівнів акредитації та 3 учням професійно-технічних навчальних закладів призначається стипендія голови Миколаївської обласної державної адміністрації, голови Миколаївської обласної ради.
З метою розвитку наукового потенціалу, матеріальної підтримки перспективної молоді у березні – травні щороку департаментом освіти і науки облдержадміністрації проводиться обласний конкурс робіт молодих учених Миколаївської області, за підсумками якого визначаються 12 переможців, які відзначаються дипломами та грошовими нагородами у розмірі 2500 грн. у рамках обласного свята до Дня науки.
З метою виявлення та поширення кращого досвіду організації житлово-побутових умов для проживання, навчання і відпочинку студентської молоді, що є складовою частиною навчально-виховного процесу, та активізації органів студентського самоврядування у формуванні здорового способу життя і активної життєвої позиції у молодих громадян України, щороку департаментом освіти і науки облдержадміністрації проводиться обласний конкурс гуртожитків вищих навчальних закладів I-IV рівнів акредитації «Оселя затишку і тепла». За підсумками проведення конкурсу переможці нагороджуються грамотами та подарунками.